| No | Nama | Masa Jabatan | Asal Jurusan |
| 1 |
Parmanto, M.A.
|
1963 – 1966 |
Biologi |
| 2 |
Prof. Dr. Widarso Gondodiwirjo |
1966 – 1967 |
Biologi |
| 3 |
Prof. Dr. Yusuf Abdurrajak |
1967 – 1972 |
Biologi |
| 4 |
Prof. Drs. H. Widodo |
1972 – 1976 |
Biologi |
| 5 |
Prof. Drs. H. Sjamsul Kislam |
1976 – 1980
|
Matematika |
| 6 |
Prof. Drs. Herman Hudoyo, M.Ed. |
1980 – 1986 |
Matematika |
| 7 |
Drs. Ali Moertolo |
1986 – 1993 |
Biologi |
| 8 |
Prof. Drs. Gatot Muhsetyo, M.Sc. |
1994 – 2000
|
Matematika |
| 9 |
Drs. Kadim Masjkur, M.Pd |
2000 – 2003 |
Fisika |
| 10 |
Drs. H. Muchtar Abdul Karim, M.A. |
2003 – 2008 |
Matematika |
| 11 |
Dr. H. Istamar Syamsuri, M.Pd |
2008 – 2012 |
Biologi |
| 12 |
Prof.Dr. H. Arif Hidayat, M.Si |
2012 – 2014 |
Fisika |
| 13 |
Dr. Markus Diantoro, M.Si |
2015-2018 |
Fisika |
| 14 |
Dr. Hadi Suwono, M.Si |
2018-2022 |
Biologi |