1963 – 1966
Parmanto, M.A.
Jurusan Biologi
1966 – 1967
Prof. Dr. Widarso Gondodiwirjo
Jurusan Biologi
1967 – 1972
Prof. Dr. Yusuf Abdurrajak
Jurusan Biologi
1972 – 1976
Prof. Drs. H. Widodo
Jurusan Biologi
1976 – 1980
Prof. Drs. H. Sjamsul Kislam
Jurusan Matematika
1980 – 1986
Prof. Drs. Herman Hudoyo, M.Ed.
Jurusan Matematika
1986 – 1993
Drs. Ali Moertolo
Jurusan Biologi
1994 – 2000
Prof. Drs. Gatot Muhsetyo, M.Sc.
Jurusan Matematika
2000 – 2003
Drs. Kadim Masjkur, M.Pd
Jurusan Fisika
2003 – 2008
Drs. H. Muchtar Abdul Karim, M.A.
Jurusan Matematika
2008 – 2012
Dr. H. Istamar Syamsuri, M.Pd
Jurusan Biologi
2012 – 2014
Prof. Dr. H. Arif Hidayat, M.Si
Jurusan Fisika
2015 – 2018
Dr. Markus Diantoro, M.Si
Jurusan Fisika
2018 – 2022
Dr. Hadi Suwono, M.Si
Jurusan Biologi