MIPA UM berawal dari Jurusan Ilmu Pasti Alam di PTPG Malang yang didirikan pada 18 Oktober 1954 dengan 28 mahasiswa, yang kemudian ditetapkan sebagai hari kelahiran FMIPA UM. Perkembangannya mengikuti perjalanan PTPG Malang yang menjadi bagian dari Universitas Airlangga sebagai FKIP pada tahun 1954, lalu bertransformasi menjadi IKIP Malang pada tahun 1963 melalui penggabungan FKIP Unair dan IPG Madiun.

Pada tahun 1964, IKIP Malang memiliki Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE) yang menaungi Jurusan Ilmu Pasti, Ilmu Hayat, Ilmu Alam, dan Ilmu Kimia sebagai cikal bakal FMIPA. Selanjutnya, pada tahun 1968 cabang-cabang IKIP Malang di berbagai daerah diserahkan kepada universitas induk masing-masing atau berkembang menjadi lembaga baru, sementara IKIP Malang terus berkembang hingga akhirnya menjadi Universitas Negeri Malang dengan FMIPA sebagai salah satu fakultasnya.

Susunan struktur organisasi fakultas menampilkan hierarki kepemimpinan mulai dari Dekan, Wakil Dekan, hingga unit-unit pendukung yang menjalankan kegiatan akademik dan administratif secara terpadu demi kelancaran iklim edukasi.

Jajaran pimpinan fakultas bertugas merumuskan kebijakan strategis, mengawasi mutu akademik, serta mendorong terciptanya inovasi dan kolaborasi global di lingkungan fakultas.

Fakultas didukung oleh para dosen dan tenaga kependidikan (tendik) yang profesional di bidangnya. Uraian kualifikasi, bidang keahlian, dan peran aktif mereka menjadi pilar utama dalam menyelenggarakan pelayanan akademik serta proses belajar mengajar yang optimal.